Nascido em Passo Fundo, Marcos Diniz Daniel começou a jogar entre os 4 e 5 anos por influência de seu pai e seu irmão que já praticavam o esporte. Ainda criança, começou a treinar no turno inverso da escola. Ele recorda que na época Passo Fundo tinha poucas quadras e o esporte era pouco conhecido. Com 11 anos participou de seu primeiro torneio estadual e foi campeão. Aos 12 passou a levar mais a sério o projeto de se tornar um grande tenista e aos 15 já estava morando na Itália.
O gaúcho teve bom desempenho no circuito juvenil, chegou a ser número 20 no ranking da ITF e conquistou três títulos, com destaque para o bicampeonato da Copa Gerdau, em 1995 e 1996. Ao mesmo tempo, iniciou no profissional já em 1995, quando anotou as primeiras vitórias da carreira em futures. Demorou um pouco até conseguir conquistar o primeiro título, que veio em 1999. Ao todo foram 22 as conquistas na carreira, oito delas em futre e 14 em challenger.
Conhecido por escolher bem o calendário, buscando pontos em torneios que nem sempre eram os mais concorridos, Marcos Daniel venceu 24 partidas em nível ATP e teve como melhor marca no ranking a 59ª colocação em 2009, ano em que fez semifinal no ATP 250 de Gstaad, sua melhor campanha da carreira nos torneios de primeira linha. Ele enfrentou nomes gigantes, entre eles três jogadores que foram número 1 do mundo: o suíço Roger Federer, o espanhol Rafael Nadal, e o australiano Lleyton Hewitt.
Marcos Daniel disputou todos os Grand Slam, somando ao top 16 participações, porém conseguiu superar a estreia apenas uma vez, contando com a desistência de outro ex-número 1 do mundo, o espanhol Juan Carlos Ferrero, em Roland Garro 2008. Em termos de ranking, seu maior triunfo foi contra Hewitt, então número 14 do mundo, em 2006 em Poertschach. Um dos destaques da carreira foi seu desempenho incrível toda vez que jogava na altitude, principalmente em Bogotá, onde venceu seis challengers.
Defendendo as cores do Brasil, o gaúcho esteve em cinco confrontos diferentes da Copa Davis entre 2004 e 2010, com cinco vitórias no total, sendo quatro delas em simples. Ele também esteve nos Jogos Olímpicos de Pequim 2008, perdendo na estreia para o austríaco Jurgen Melzer.